Potęgę i wpływy w Europie zakon zawdzięczał również dużej liczbie członków afiliowanych, żyjących poza domami zakonnymi, ale związanych z zakonem i korzystających z jego przywilejów kościelnych. Należeli do nich zarówno mężczyźni, jak i kobiety, nazywano zaś ich confratres (współbracia) i consorores (współsiostry). Najczęściej byli nimi członkowie rodzin monarszych, książęcych i możnowładczych. W zamian za zapisy testamentowe, bogate darowizny ziem, dochodów, pieniędzy
przyjmowano ich do wspólnoty zakonnej i mogli oni w ten sposób korzystać ze wszystkich przywilejów braci zakonnych. Joannitom instytucja konfratrów przynosiła dużo pożytku. W ten sposób zakon nie tylko poszerzał znacznie swoje wpływy, ale powiększał też swoje ziemie i dochody.

Wzrost potęgi i bogactwa zakonu był ostatnią i najważniejszą zmianą, jaka nastąpiła w dziejach skromnego początkowo bractwa Szpitala św. Jana w Jerozolimie. Jak dużą rolę w życiu i w działalności zakonu odgrywały pieniądze, pokazuje umowa, którą w 1168 roku zawarł król jerozolimski Amalryk I z joannitami przed planowaną wyprawą na Egipt. Zakon zobowiązał się wówczas dostarczyć królowi 500 rycerzy i kilka razy więcej lekkozbrojnych turkopolów. Król natomiast obiecał joannitom przysłowiowe złote góry. Po zdobyciu Egiptu mieli oni otrzymać na własność miasto Bilbais (niedaleko Kairu) z całym okręgiem, które — jak obliczono — przynosiło
rocznie 100 000 złotych bizantów dochodu. Do tego z dziesięciu innych miast egipskich miała być wpłacana rocznie do kasy zakonu łącznie suma 50 000 bizantów. Wreszcie król przyrzekał joannitom dziesiątą część łupów wojennych i skarbu kalifa, jeśli wpadnie on w ręce łacinników. Ta gigantyczna transakcja nie została do końca zrealizowana z tej prostej przyczyny, że Amalryk I nie zdołał podbić
Egiptu. Ale i tak umowa jest interesującym świadectwem, choć pozostała tylko na pergaminie. Odsłania ona prawdziwe motywy działania joannitów. Tak samo jak uczestnicy krucjat nie walczyli oni dla samej idei. Walkę z niewiernymi joannici traktowali jak dobry interes, który powinien przynieść konkretne korzyści w postaci nowych posiadłości, łupów i dodatkowych dochodów.

Dochody zakonu płynęły właśnie przede wszystkim z ogromnych posiadłości joannitów, które znajdowały się zarówno na Wschodzie, jak i w Europie. Prócz majątków ziemskich, z należącą do nich ludnością chłopską, własnością zakonu były również domy i place w miastach, kramy i hale targowe, piekarnie, łaźnie, młyny, ogrody, winnice, kamieniołomy, a nawet saliny nad morzem, gdzie
przez odparowywanie wody morskiej uzyskiwano sól. Wszystko to przynosiło joannitom olbrzymie dochody. Ponadto spore sumy pieniędzy zakon uzyskiwał również z innych źródeł. Na przykład w Akce i Tripoli część opłat ceł portowych szła do kasy joannitów. W niektórych okolicach zbierali oni dziesięcinę, w innych znów ściągali do swoich szkatuł podatek płacony przez muzułmanów. Wreszcie niemałe sumy płynęły do kasy zakonu z łupów wojennych i z okupu za jeńców. Warto tu powiedzieć, że na wykup własnych ludzi, wziętych do niewoli, joannici nie przeznaczali ani grosza. Była to zresztą zasada stosowana przez wszystkie zakony rycerskie na Wschodzie. Dlatego bardzo rzadko zdarzało się, iż wzięci do niewoli rycerze zakonni wracali do swoich. Częstsze już były wypadki przejścia na
mahometanizm i próby ułożenia sobie życia w nowych warunkach. 

Wzorem templariuszy joannici zajmowali się również operacjami finansowymi, pośrednicząc często w przekazywaniu sum pieniężnych z Europy do Królestwa Jerozolimskiego. Czasem także służyli możnym pielgrzymom pomocą przy organizowaniu pobytu w Ziemi Świętej. Około roku 1168, na przykład, książę węgierski wpłacił do kasy joannitów 10 000 bizantów, aby ci kupili w Królestwie Jerozolimskim posiadłości, gdzie książę mógłby przebywać w czasie swojej pielgrzymki. Po zakończeniu podróży księcia miały one przejść na własność zakonu. W liście do księcia — pisanym po dokonaniu wpłaty — wielki mistrz wyjaśnia, że nie mógł kupić nic odpowiedniego w okolicach Jerozolimy. Daje jednak do dyspozycji księcia kilka posiadłości zakonnych, położonych niedaleko świętego miasta. Gdyby zaś dostojny pielgrzym chciał rezydować w Akce, może kupić tu za 6000 bizantów pałac, cztery domy i folwark w pobliżu. Całość tej posiadłości przynosi 1100 bizantów rocznego dochodu — pisał w zakończeniu wielki mistrz. Uderzają w tej korespondencji dobra orientacja w sprawach gospodarczych
i staranne obliczenie zysków. Podobne układy prowadzili joannici z królem czeskim Władysławem II, któremu ofiarowano na rezydencję zamek zakonny Crac des Chevaliers, położony w hrabstwie Tripoli.

Joannici i templariusze zajmowali się nadto przewozem morskim pielgrzymów i krzyżowców. Było to zajęcie przynoszące duże zyski i początkowo zajmowali się nim tylko kupcy portowych miast włoskich i południowofrancuskich. Dopiero w pierwszych dziesiątkach lat XIII wieku zaczęły się pojawiać w Marsylii okręty do przewozu pielgrzymów, należące do zakonów rycerskich. Trzeba pamiętać, że
podróże morskie nie były wówczas bezpiecznym przedsięwzięciem. Pomijając już niedoskonałość sprzętu, burzliwą pogodę i sztormy, a także ciągłe zagrożenie chorobami i epidemią wśród stłoczonych na okrętach i źle odżywianych ludzi, poważnym niebezpieczeństwem byli piraci. A właśnie Morze Śródziemne było tradycyjnym siedliskiem rozbójnictwa morskiego. Walki zaś chrześcijan z
muzułmanami jeszcze ułatwiały działania piratów. W tej sytuacji okręty joannitów i templariuszy, dobrze uzbrojone i mające zaprawioną w bojach załogę, zapewniały większe bezpieczeństwo przejazdu. I zapewne dlatego okręty zakonów rycerskich cieszyły się dużym powodzeniem, konkurując skutecznie w przewozie pielgrzymów i krzyżowców z okrętami kupców marsylskich. Doprowadziło to do
sporów zakończonych w 1234 roku ugodą między Marsylią a zakonami rycerskimi. Dwa razy w roku (w marcu i we wrześniu) każdy zakon mógł w Marsylii załadować jeden okręt z 1500 pielgrzymami, a więc rocznie mogli joannici i templariusze przewieźć 6000 osób.

Okręty przez nich używane musiały być duże. Należały one zapewne do typu tzw. usserii (wrotowców), to jest przeznaczonych do transportu ludzi i koni. W tylnej części takiego okrętu znajdowały się szerokie wrota, przez które wprowadzano konie. Mieścił się w nich również swobodnie rycerz na koniu. Usseria zabierała zwykle na pokład około 600 ludzi i 250 koni, a załoga wynosiła co najmniej 50 ludzi. Były jednak i większe, które mieściły około 1000 podróżnych. Usserie
joannitów i templariuszy, zabierające na pokład 1500 osób, należały do największych okrętów. Zaopatrywano je zwykle w machiny miotające kamienie i pociski zapalające, dla zwalczania okrętów pirackich. Widok takich olbrzymów sunących po morzu był naprawdę imponujący. Na kasztelach i burtach zawieszano zwykle tarcze herbowe rycerzy i barwne znaki podróżnych malowane
na deskach. W czasie wiatru tak łomotały, że Joinville — sekretarz króla Ludwika IX — porównywał ten dźwięk do grzmotu. 

Joannici i templariusze nie ograniczyli się tylko do transportu pielgrzymów z Marsylii. Okręty obu zakonów spotyka się także w innych wielkich akcjach transportowych okresu krucjat. Kiedy na przykład król francuski Ludwik IX planował swoją pierwszą wyprawę krzyżową w 1246 roku, wśród okrętów, które miały przewieźć armię krzyżowców, znajdowały się również okręty obu zakonów
rycerskich.

Zarobione w różnych transakcjach finansowych i handlowych pieniądze joannici — przeciwnie jak templariusze — lokowali w posiadłościach ziemskich. Istniejące już majątki, darowane lub zdobyte, powiększali ciągle przez nowe zakupy. W rezultacie do zakonu należały duże dobra we wszystkich prawie krajach europejskich, a na Wschodzie joannici byli największymi posiadaczami ziemskimi
wśród zakonów rycerskich. Z ziem leżących na pograniczu tworzone były kolonie wojskowe, całkowicie zależne od władz zakonnych. Również w hrabstwie Tripoli i księstwie Antiochii posiadłości joannitów tworzyły zwarte terytoria, będące rodzajem niezależnego państewka. Tutaj joannici mieli pełną władzę nad ludnością i dużą samodzielność polityczną.

Ziemie joannitów tylko w małej części były uprawiane bezpośrednio przez zakon, przy pomocy braci służebnych i czeladzi. Najczęściej uprawiali ją dzierżawcy, poddani chłopi i niewolnicy, wobec których zakon stosował te same metody ucisku i wyzysku co świeccy feudałowie tego czasu. Dziwić może dziś fakt posiadania przez zakon niewolników. W średniowieczu nie był to jednak wypadek odosobniony. Niewolnicy stanowili w dobrach joannitów na Wschodzie dużą część ludności zależnej i rekrutowali się z podbitych muzułmanów lub z jeńców wojennych. Statuty zakonne zabraniały, bez specjalnej zgody wielkiego mistrza, chrzcić niewolników, bo następstwem chrztu było ich wyzwolenie. Kapituła generalna postanowiła ponadto w 1262 roku, że niewolnik może być tylko wtedy wyzwolony, jeśli złoży sumę, za którą można kupić dwóch lub trzech nowych niewolników.