Joannici myśleli wówczas o zdobyciu samodzielnego terytorium. Na Cyprze byli przecież tylko gośćmi króla. Przyjęli więc propozycję Yignoli. Wielki mistrz niezwłocznie udał się do Francji, aby zmobilizować pomoc militarną i finansową. Chciał również uzyskać zgodę papieża na podboje. W tym samym czasie statki joannitów i galery genueńskie lądowały na Rodos, a wojska zakonne rozpoczęły
podbój wyspy, należącej oficjalnie do cesarza bizantyjskiego. Już w listopadzie 1306 roku zdobyto duży zamek Philermo. Samo miasto i główny port wyspy — Rodos, broniło się jeszcze dwa lata. 15 sierpnia 1308 roku Rodos zostało zdobyte. Opanowana wyspa stała się główną siedziba zakonu (1308—1522); była też — obok Cypru — ważnym punktem strategicznym w walkach chrześcijaństwa zachodniego z Turkami. Joannici rozbudowali fortyfikacje miasta i portu Rodos; była to najsilniejsza twierdza we wschodniej części Morza Śródziemnego. Dzięki dochodom z dóbr
europejskich — powiększonych po likwidacji templariuszy posiadłościami tego zakonu — joannici mogli utrzymywać jedną z najsilniejszych flot wojennych na tym obszarze. Okręty zakonne napadały wybrzeża azjatyckie, zwalczały wojenną flotę turecką i grabiły muzułmańskie statki handlowe. Papież Klemens V polecił im nadto (1308) zajmować wszystkie statki europejskich kupców, którzy sprzedawali Saracenom materiały wojenne, a więc broń, żelazo i drewno potrzebne do wyrobu
broni, konie oraz niewolników, koniecznych do uzupełniania armii mameluków. Mogli zatem joannici uprawiać piractwo zupełnie legalnie. Nie trzeba przypominać, że przynosiło to zakonowi duże dochody.

Wiosną 1344 roku joannici wspólnie z Cypryjczykami, wsparci także galerami weneckimi i papieskimi, podjęli dużą akcję przeciw flocie tureckiej, działającej na Morzu Egejskim. W czasie tej kampanii morskiej zdobyto (28 października) turecki port Smyrnę, który pozostał w ręku joannitów ponad pięćdziesiąt lat, aż do 1402 roku, kiedy to inwazja Tamerlana na Azję Mniejszą wyparła rycerzy zakonnych z miasta.

Walki we wschodniej części Morza Śródziemnego toczyły się nieprzerwanie. Joannici nie tylko atakowali, ale często musieli się również bronić. Za rządów wielkiego mistrza Jana de Lastic odparli trzy wyprawy mameluków z Egiptu (1440, 1442, 1444). Najgroźniejszym przeciwnikiem jednak, od połowy XV wieku, było potężne i zaborcze państwo Turków Otomańskich. Sułtan Mehmed II Zdobywca niedługo po sławnym zdobyciu Konstantynopola (1453) próbował wyprzeć z wyspy Rodos
wojowniczych mnichów-żeglarzy (1455). Nowy atak zwycięskiego Mehmeda II, który po podboju Serbii, Grecji, Bośni i Albanii wysłał w 1480 roku na Rodos 100-tysięczną armię, został odparty po trzech miesiącach walk. Wojskami joannitów dowodził wielki mistrz Piotr d'Aubusson. Dopiero w roku 1522 sułtan Sulejman II Wspaniały zdołał opanować ten niebezpieczny u własnych wybrzeży punkt. Po pięciu miesiącach walk i oblężenia przez Turków portu Rodos wielki mistrz Filip Yilliers de IsleAdam poddał się 22 grudnia 1522 roku. Sułtan pozwolił joannitom opuścić wyspę, zabrać skarbiec
i archiwum zakonne, okręty i broń