Władysław Łokietek, który umacniał właśnie swą władzę w Małopolsce, nie mógł udzielić pomocy militarnej załodze gdańskiej. Wtedy za jego zgodą załoga polska grodu gdańskiego wezwała na pomoc krzyżaków. Według umowy krzyżacy mieli pomóc odeprzeć Brandenburczyków, w zamian Łokietek miał im zwrócić poniesione koszty.
Krzyżakom wezwanie to dawało szansę ? przy zachowaniu pozorów legalności ? zawładnięcia Gdańskiem a nawet całym Pomorzem. W pierwszych dniach października 1308 roku oddziały krzyżackie, dowodzone przez komtura Ziemi Chełmińskiej Guntera von Schwarzburg, dotarły pod Gdańsk. Po walce z Brandenburczykami i ich sprzymierzeńcami, krzyżacy weszli do zamku wpuszczeni przez polską załogę sędziego Boguszy. Niebawem przybyły do Gdańska nowe posiłki krzyżackie, prowadzone przez krajowego mistrza pruskiego, Henryka von Plotzke. Wkrótce ? w niezbyt jasnych okolicznościach ? krzyżacy usunęli z zamku gdańskiego polską załogę.
Po zajęciu zamku krzyżacy opanowali samo miasto. Walki trwały zapewne kilka dni, najcięższe toczono 13 listopada 1308 roku. Pochwyconych wówczas rycerzy pomorskich ? sprzymierzeńców brandenburskich krzyżacy ścięli, podobny los spotkał rycerzy polskich z załogi gdańskiej, a może również ich rodziny oraz mieszczan gdańskich, którzy sprzyjali Brandenburczykom.
W opinii ówczesnych Polaków ? co potwierdzają zeznania świadków w procesie 1339 roku i relacja Jana Długosza (patrz Tekst źródłowy) ? krzyżacy zniszczyli miasto i dopuścili się rzezi mieszkańców Gdańska. Również w opinii Niemców inflanckich ? co poświadczają zeznania ludzi przesłuchiwanych w roku 1312 przez legata papieskiego ? zakon dopuścił się rzezi Gdańszczan. Była to sprawa tak głośna, że wiadomość o gdańskich wydarzeniach dotarła do kurii papieskiej w Awinionie ? świadczy o tym bulla papieża Klemensa V z 24 czerwca 1310 roku: Ostatnio doszło do naszych uszu ? pisał papież ? że wspomniani mistrzowie i bracia tegoż zakonu szpitalników wtargnąwszy zbrojnie do ziemi ukochanego syna, szlachetnego męża, księcia krakowskiego i sandomierskiego Władysława, w mieście Gdańsku wymordowali ponad dziesięć tysięcy ludzi, zadając śmierć płaczącym w kołysce niemowlętom, których by nawet wróg wiary oszczędził.
W odpowiedzi na bullę, w której papież przytoczył zarzuty arcybiskupa ryskiego przeciw zakonowi, krzyżacy w odwołaniu do papieża tak przedstawili zajęcie Gdańska:
Mieszkańcy miasta Gdańska w prowincji pomorskiej, która niegdyś należała do króla czeskiego, a która po jego bez potomka męskiego śmierci przeszła na króla rzymskiego Albrechta (...), połączyli się z margrabią i ukrywali i dawali schronienie rabusiom i zbójom u siebie, którzy uciskali i plądrowali poddanych zakonu i wiele wiosek zakonu spalili. To było powodem, że po bezskutecznym upomnieniu przybyło wojsko zakonne pod mury Gdańska i miasto zmusiło do wydania 16 rabusiów, a następnie powróciło spod murów miejskich nie wyrządziwszy miastu żadnej szkody. Mieszczanie zaś później sami zburzyli swoje domy i osiedlili się na innym miejscu.
Z pewnością informacja w bulli papieskiej V o zamordowaniu ponad 10 tysięcy ludzi jest jaskrawo wyolbrzymiona, jednak sam fakt rzezi miał miejsce. K. Górski pisał: Faktem jest, że oprócz owych 16 rycerzy, których krzyżacy nazywali zbójami, były ofiary wśród mieszczan, kobiet i dzieci. K. Jasiński obliczał, że krzyżacy zabili wówczas w Gdańsku około 100 osób. G. Labuda stwierdził ostatnio, iż liczba zabitych w Gdańsku obejmuje kilkadziesiąt osób spośród rycerstwa i wybitnych mieszczan, a także dość znaczną liczbę pospólstwa i prostych wojaków. Pewne jest, że w Gdańsku ginęli ludzie nie tylko w walce. Ofiary wyciągano z domów i kościołów, robiono obławy. Potwierdzają to zeznania świadków w procesach polsko-krzyżackich. Być może przyczyną represji krzyżackich wobec mieszkańców Gdańska ? w tym także Niemców ? była oprócz kwestii politycznych (sprzyjanie Brandenburczykom), rywalizacja handlowa Gdańska z krzyżackimi ośrodkami kupieckimi, głównie z Elblągiem.
Niedługo po zdobyciu Gdańska oddziały krzyżackie zajęły Tczew ? potem wkroczyły do Chojnic i zajęły gród w Nowem. Do końca 1308 roku krzyżacy opanowali północną część Pomorza Gdańskiego. W rękach polskich pozostała jeszcze część południowa, z głównym punktem oporu ? grodem Świecie. W tym momencie sytuacja Polaków na Pomorzu nie była jeszcze beznadziejna, aby powstrzymać krzyżaków należało zmobilizować siły militarne całego ówczesnego państwa polskiego. Łokietek tego nie zrobił. Może ? jak twierdzi profesor G. Labuda ? zlekceważył najazd krzyżacki. Albo skoncentrował swe siły w Małopolsce, gdzie podniósł bunt biskup krakowski Jan Muskata i istniała groźba interwencji czeskiej. Łokietek nie zdecydował się walczyć na dwóch frontach, wybrał obronę^ swego panowania w Małopolsce ? ziemi dla niego wówczas najważniejszej.
Z krzyżakami próbował Łokietek rokować. W początkach 1309 roku spotkał się we wsi Grabie na Kujawach z mistrzem krajowym pruskim Henrykiem von Plotzke, w obecności biskupa włocławskiego Gerwarda, panów polskich i rycerzy zakonnych. Krzyżacy domagali się wysokiej zapłaty za odsiecz Gdańska. Zdaniem polskich świadków w procesie z krzyżakami (1339) ? żądana przez zakon suma przewyższała wartość całego Pomorza. ? według Długosza wynosiła 100 tysięcy grzywien. Łokietek nie mógł przyjąć takich żądań. Wówczas krzyżacy wystąpili z ofertą kupna Pomorza. Książę polski odrzucił tę propozycję. Wydaje się, iż krzyżacy nie docenili Łokietka. Uważali go za jednego z wielu książąt polskich, który dzięki szczęśliwemu zbiegowi okoliczności został panem Pomorza i za odpowiednią sumę chętnie sprzeda tę ziemię.
Nie dojrzeli w Łokietku ? jak pisał J. Baszkiewicz ? przyszłego króla zjednoczonej Polski, rzecznika programu jedności państwowej ziem polskich.
Po niepowodzeniu rokowań z Władysławem Łokietkiem krzyżacy przystąpili do dalszego podboju Pomorza. Po dwóch miesiącach oblężenia zdobyli ostatni polski gród Świecie; jego załogą dowodził Bogumił z Pakości. Krzyżacy mieli nad Polakami przewagę liczebną i techniczną, zaś wysłana przez Łokietka odsiecz przybyła za późno.
W boju o Świecie po raz pierwszy przeciw krzyżakom walczyły oddziały polskie z różnych dzielnic. Samego zamku bronili Pomorzanie i Kujawianie. W okolicach Świecia szarpał krzyżaków oddział ochotników z Mazowsza. Wreszcie z odsieczą ? wprawdzie spóźnioną ? przybyły na Pomorze oddziały z Małopolski i Sieradzkiego. Pod Świeciem po raz pierwszy walka z krzyżakami przestała być epizodem lokalnym, sprawą książąt poszczególnych dzielnic nadgranicznych. Stała się akcją ogólnonarodową, prowadzoną w interesie całej Polski.
Po zdobyciu Świecia krzyżacy zajęli całe Pomorze Gdańskie, aż do granicy kasztelami wyszogrodzkiej i nakielskiej. Równocześnie zakon rozpoczął rokowania z margrabią brandenburskim Waldemarem. We wrześniu 1309 roku zawarty został w Myśliborzu (Soldin) układ: za cenę 10 tysięcy grzywien margrabia Waldemar sprzedał zakonowi obwody Gdańsk, Tczew i Świecie. Zatrzymał zaś ziemię słupską i sławieńską. Za pośrednictwem Brandenburczyków zrzekli się też swych praw do Pomorza Gdańskiego książę Rugii i książę Głogowa. Kupno przez krzyżaków od Brandenburgii Pomorza uznał cesarz Henryk VII w roku 1310, a zatwierdził ostatecznie 12 lipca 1311 roku.
Krzyżacy stali się w ten sposób panami Pomorza Gdańskiego. Dolny bieg Wisły ? o kapitalnym dla zakonu znaczeniu politycznym, strategicznym i handlowym ? razem z grodami w Świeciu, Tczewie i portem w Gańsku znalazł się w rękach krzyżackich. Dzięki zajęciu Pomorza Gdańskiego krzyżacy zyskali połączenie lądowe z krajami niemieckimi, co bardzo zaważyło na kształtowaniu się samodzielnego państwa zakonnego nad Bałtykiem.
Na zdobytych terytoriach pomorskich krzyżacy wprowadzili administrację zakonną. Najwierniejsi stronnicy Łokietka musieli opuścić kraj. Reszta rycerstwa uznała rządy zakonne.
Równocześnie z opanowaniem przez krzyżaków Pomorza Gdańskiego Zygfryd von Feuchtwangen przeniósł ? w końcu września 1309 roku ? siedzibę wielkiego mistrza zakonu nad Bałtyk, do Malborka. Dotychczasowy mistrz pruski Henryk von Plotzke złożył swój urząd i otrzymał godność wielkiego komtura zakonnego, to jest zastępcy wielkiego mistrza. Zakon zerwał ostatecznie z przeszłością ? walką w obronie Królestwa Jerozolimskiego i skoncentrował się na rozbudowie i umacnianiu swego państwa nad Bałtykiem.
Przeniesienie domu głównego zakonu do Prus było uwieńczeniem dążeń do zdobycia własnego terytorium w Europie i utworzenia państwa zakonnego. Znawca dziejów krzyżackich, Karol Górski, uważa, iż wtedy zwyciężył w zakonie ?element polityczny". Odtąd zakon krzyżacki stal się przede wszystkim instytucją polityczną ? władze zakonu były równocześnie władzami państwa.