Ziemie pruskie nie były jedynymi obszarami nadbałtyckimi, którymi interesowali się niemieccy rycerze, kupcy i osadnicy. Już w XII wieku na wschodnich wybrzeżach Morza Bałtyckiego pojawili się kupcy niemieccy, którzy przejęli handel futrami z Rusi, a sprzedawali w krajach nadbałtyckich sukna flandryjskie i żelazo. Założenie w połowie wieku XII Lubeki — na słowiańskim niegdyś terytorium — wzmocniło niemiecką ekspansję na Bałtyku.

Ważnym obszarem dla kupców niemieckich było ujście Dźwiny — głównego szlaku wodnego, łączącego Bałtyk z ośrodkami handlowymi Rusi. Tutaj leżała Ryga, osada z targowiskiem, w której osiedlili się kupcy niemieccy. Cały ten kraj zamieszkiwali Liwowie. Należeli oni do grupy plemion określanych mianem Łotyszów. Niemcy i Skandynawowie nazywali ten obszar Livland (po łacinie Livonia), co spolszczono na Inflanty. Sąsiadami Łotyszów na południu byli Litwini, a na północy Estowie. Od wschodu plemiona łotewskie sąsiadowały z ruskimi księstwami Nowogrodu i Płocka.

Za kupcami przybyli nad Dźwinę niemieccy misjonarze. Około 1184 roku działalność misyjną rozpoczął tu kanonik Meinhard, wyświęcony przez arcybiskupa bremeńsko-hamburskiego na pierwszego biskupa Inflant. Trzeci biskup inflancki Albert von Buxhoevden (1198— 1229) przekształcił kolonię niemieckich kupców w państwo biskupie. Był on twórcą niemieckich Inflant. Stopniowo roztaczał biskup Albert opiekę nad małymi plemionami łotewskimi, zagrożonymi od południa przez Litwinów, a z północy przez Estów. W celu obrony chrześcijan i neofitów w Inflantach przed atakami pogan i dla rozszerzenia terytorium swego władztwa ściągał biskup Albert nad Dźwinę krzyżowców z Niemiec. Sprowadzał też osadników — mieszczan, duchownych i rycerzy.

Dla wsparcia misji i prowadzenia podboju kraju nie wystarczyły jednakże oddziały krzyżowców, które przebywały i walczyły w Inflantach tylko czasowo. By utrzymać zdobyte w czasie krucjat tereny potrzebna była stała organizacja zbrojna. Stał się nią utworzony w roku 1202 zakon rycerski Braci Chrystusa, zwany — od czerwonego krzyża z mieczem na czarnym płaszczu zakonnym — zakonem Kawalerów Mieczowych. Otrzymali oni regułę templariuszy.

Kawalerowie Mieczowi mieli być zbrojną drużyną biskupa inflandzkiego rezydującego w Rydze. Podlegali też jego władzy, nie zaś jak templariusze — władzy papieskiej. Ta zależność od biskupa i walka dla niego nie odpowiadała ambitnym i awanturniczym rycerzom zakonnym. W roku 1207 przyznał im więc biskup Albert trzecią część zdobywanych ziem. Nie zadowoliło to jednak Kawalerów Mieczowych. W długoletnich sporach jakie toczyły się między zakonem a biskupem ryskim obie strony odwoływały się do cesarza i papieża.

Tymczasem trwał podbój ziem nadbałtyckich. W roku 1215 Niemcy rozpoczęli podbój Estonii, której mieszkańcy bronili się z większą zaciekłością niż Łotysze. W latach 1219—1222 podbijał również Estonię jako krzyżowiec król duński Waldemar II. Duńczycy zbudowali tu swą bazę operacji militarnych — zamek Rewel, zwany po estońsku Tallinem („Zamek Duńczyków"). Później podbój Estonii prowadzili Kawalerowie Mieczowi. Zakon ten — przy współpracy mieszczan ryskich — podbił też Kuronię i Źemgalię.

Pogłębiający się konflikt z biskupem ryskim, spory z krzyżowcami i legatem papieskim a także Duńczykami, którzy chcieli odzyskać panowanie nad Estonią — wszystko to skłoniło Yolkwina, mistrza Kawalerów Mieczowych, do połączenia się z osiadłymi wówczas nad dolną Wisłą krzyżakami, zakonem rycerskim bardziej uprzywilejowanym, mającym też dzięki wielkiemu mistrzowi Hermanowi von Salza poparcie zarówno cesarza i książąt niemieckich jak i papieża. W trakcie rokowań na ten temat wojska Kawalerów Mieczowych — we wrześniu 1236 — wracając z wyprawy łupieskiej na Żmudź zostały pod Szawlami rozbite przez Litwinów. Poległ wówczas mistrz Yolkwin i wielu rycerzy zakonnych, a posiłkujące ich oddziały ruskie z Pskowa poniosły ciężkie straty.

Klęska ta przyspieszyła połączenie i spowodowała wcielenie zakonu Kawalerów Mieczowych do zakonu krzyżackiego. Decyzją papieża nastąpiło to w 1237 roku. W tymże roku Herman von Salza wysłał swego współpracownika, mistrza krajowego Prus Hermana Balka, z oddziałem 50 krzyżaków do Inflant. Kawalerowie Mieczowi przyjęli regułę krzyżacką. Zachowali jednak czarny płaszcz zakonny i pewną autonomię — a więc prawo wyboru mistrza krajowego, którego zatwierdzał tylko wielki mistrz. Inflancka gałąź krzyżaków również — podobnie jak przedtem Kawalerowie Mieczowi — miała nadal podlegać zwierzchnictwu biskupa ryskiego i posiadać pod swoim zarządem jedną trzecią ziemi. Utracili krzyżacy jedynie Estonię, którą musieli zwrócić królowi duńskiemu (1238).

Połączenie zakonu krzyżackiego i Kawalerów Mieczowych wyznaczał przyszły cel ekspansji krzyżackiej. Była nią Litwa i Żmudź, która odgradzała Prusy od Inflant. Na razie jednak krzyżackie podboje w Inflantach — z inicjatywy legata papieskiego Wilhelma z Modeny — skierowane zostały na Ruś. Zamierzano opanować Psków i Nowogród. Plan ten nie został zrealizowany, bowiem w początkach kwietnia 1242 roku krzyżacy zostali pobici przez księcia nowogrodzkiego Aleksandra Newskiego na zamarzniętym jeziorze Pejpus. Mimo klęski krzyżacy nie zrezygnowali z podboju północnej Rusi — ani Litwy i Żmudzi. Świadczy o tym nowy przywilej cesarza Fryderyka II z lipca 1245 („złota bulla" z Werony), który potwierdzał krzyżakom dawne nadanie Prus i rozszerzał je na Litwę i Ruś, oraz przyznawał wielkiemu mistrzowi zakonu wszystkie prawa zwierzchnie nad tymi krajami.