Po upadku Królestwa Jerozolimskiego (1291) i likwidacji terenu działania na Wschodzie krzyżacy skupili wszystkie siły w rejonie Bałtyku. Najbardziej widocznym znakiem owej zmiany terenu działania i koncentracji sił zakonu było przeniesienie do Malborka głównej siedziby zakonu (1309).

Umieszczenie w Prusach siedziby wielkiego mistrza i władz centralnych było dla całego zakonu i jego elity rządzącej rozwiązaniem korzystnym. Po likwidacji posiadłości krzyżackich w Ziemi Świętej wielki mistrz rezydował w Wenecji. Pozbawiony tam większych oddziałów wojskowych, łatwo mógł ulec różnym naciskom zarówno ze strony władców zachodniej Europy, jak i papieży. Nadto rezydując w Wenecji wielki mistrz wraz z władzami zakonu podlegali ściślejszej kontroli papiestwa i opinii społecznej Europy zachodniej — w tym czasie na ogół niechętnej zakonom rycerskim. Los templariuszy we Francji był dla krzyżaków sygnałem ostrzegawczym.

Tymczasem w Prusach wielki mistrz stawał się niezależnym władcą dość potężnego i liczącego się w polityce europejskiej państwa, którego terytorium i potęgę można było jeszcze powiększyć. Zyskiwali na tym również najwyżsi urzędnicy zakonu. Dostojnicy ci rezydowali dotąd w domu głównym u boku wielkiego mistrza. W Prusach zaś stali się panami dużych komturii: marszałek zakonu w Królewcu, wielki szpitalnik w Elblągu, wielki szatny w Dzierzgoniu. Tylko wielki komtur i skarbnik zostali przy wielkim mistrzu, ale i oni odnieśli znaczne korzyści. Wielki komtur stał się pierwszym doradcą i zastępcą władcy państwa zakonnego, brał też udział w zarządzie komturią malborską. Natomiast skarbnik kierował finansami dużego i bogatego państwa.

Przeniesienie siedziby zakonu do Malborka wprowadziło zmiany zarówno w ustroju jak i organizacji państwa krzyżackiego w Prusach. Wielki mistrz i pięciu najwyższych urzędników tworzyli odtąd nie tylko naczelne władze Zakonu, ale i rząd państwa krzyżackiego. Historycy zakonu — jak na przykład Karol Górski — podkreślają zmianę charakteru tego zgromadzenia zakonnego: element świecki, polityczny, wziął wówczas górę nad elementem religijnym.

Zamek w Malborku coraz bardziej upodobniał się do wspaniałej rezydencji książęcej. Zachowane księgi skarbnika malborskicgo z lat 1398-1409 notują między innymi sumy pieniędzy i podarki, które rozdawano śpiewakom i muzykantom, żonglerzom, błaznom oraz innym wesołkom, dostarczającym rozrywki dworowi wielkiego mistrza i jego gościom. We wspaniałej sali gotyckiego zamku malborskiego, której sklepienie wsparte było na trzech granitowych kolumnach, mogło ucztować do 400 rycerzy i gości, słuchając muzyki i przyglądając się pokazom kuglarzy, a przede wszystkim podziwiając potęgę zakonu. W XIV wieku bowiem na zamku malborskim często przebywali panowie — rycerze z Niemiec, Francji i Anglii. Przyjeżdżali oni do Prus, aby brać udział w wyprawach krzyżackich na Litwę.

Zmianie uległa także administracja zakonu krzyżackiego w Prusach. Komturie, na które dzielił się kraj, utraciły swoją dawną samodzielność finansową i gospodarczą, zostały ściśle podporządkowane władzy zwierzchniej zakonu. Wielki mistrz utrzymywał stały kontakt z komturami, którzy byli zobowiązani wysyłać do Malborka raporty w sprawach politycznych, wojskowych i gospodarczych. Każda komturia musiała mieć w tym celu osobne konie pocztowe. Komtur sprawował na swoim terenie władzę wojskową, administracyjną i sądowniczą. Rezydował zwykle w zamku-klasztorze, gdzie mieścił się konwent, złożony co najmniej z dwunastu rycerzy zakonnych, kilkunastu braci służebnych i kapelanów. Prawie każdy z rycerzy zakonnych sprawował jakiś urząd w komturii, inni bracia pełnili różne funkcje gospodarcze. W ten sposób krzyżacy mogli wykorzystać w pełni potencjał ludzki, możliwości gospodarcze kraju i skuteczniej rządzić ludnością państwa zakonnego. Nawet organizacja kościelna w Prusach — z wyjątkiem biskupstwa warmińskiego — była podporządkowana władzom zakonnym.

Krzyżacy w trosce o rozwój swego państwa sprowadzali z Niemiec osadników. Rycerzom niemieckim nadawano dobra, chłopów osiedlano po wsiach na dogodnych warunkach, przyznając im dość duże swobody. Do połowy XIV wieku krzyżacy założyli około 1400 wsi, o regularnej zabudowie, z ceglanym kościołem parafialnym pośrodku. W każdej wsi było co najmniej 20 gospodarstw chłopskich. Skolonizowano w ten sposób Pomezanię, Pogezanię i Warmię aż po wielkie puszcze, naturalną ochroną państwa zakonnego od wschodu i południa.

Równocześnie rozwijało się osadnictwo miejskie, zwłaszcza w zachodniej części państwa. Do roku 1410 krzyżacy założyli 93 miasta, które stały się ośrodkami handlowymi i rzemieślniczymi regionu. Wielkie miasta, prowadzące handel międzynarodowy, położone były nad Wisłą i Bałtykiem: Toruń, Chełmno, Gdańsk, Elbląg, Braniewo (Brunsberga), Królewiec. Wszystkie odgrywały dużą rolę w gospodarce, a niektóre później — w połowie XV wieku — także w polityce. Wielkie miasta należały do związku hanzeatyckiego (Hanzy), co ułatwiało im kontakty handlowe z Europą zachodnią. Oblicza się, że ponad 20% ludności państwa zakonnego mieszkało w miastach. Była to proporcja duża, nie spotykana — poza Czechami — w Europie środkowej. Warto pamiętać, iż sieć miast utworzona przez krzyżaków w XIV wieku funkcjonuje skutecznie do dziś.

W drugiej połowie XIV wieku ustał prawie zupełnie napływ osadników z krajów niemieckich. Przyczyną były epidemie („czarna śmierć"), które wyludniały wówczas kraje Europy zachodniej. Coraz częściej więc próbowali krzyżacy kolonizacji wewnętrznej: osadzano na nie zamieszkałych terenach Niemców i Polaków z przeludnionych obszarów Ziemi Chełmińskiej. Osadnictwo polskie w państwie zakonnym, chłopskie i drobnoszlacheckie — byli to głównie przybysze z Kujaw i Mazowsza — nasiliło się w XV wieku. Wówczas też spotyka się ślady osadnictwa litewskiego w państwie krzyżackim. Natomiast Prusowie, za wierną służbę dla zakonu podczas wojen, wynagradzani byli w XIV wieku indywidualnymi nadaniami ziemskimi na prawie niemieckim (chełmińskim), korzystniejszym od zwyczajowego prawa pruskiego. To ostatnie zostało w tymże czasie skodyfikowane i spisane. Dokonał tego jakiś Prus w służbie zakonu. Może był nim ksiądz Szaweł, syn Milutina, który studiował prawo na uniwersytecie w Bolonii?

Kolonizacja Prus, szczególnie intensywna w wieku XIV, była bez wątpienia dziełem imponującym. Zakon — jej organizator — przyznawał osadnikom zmodyfikowane do warunków miejscowych prawo niemieckie, czyli tak zwane prawo chełmińskie, które przyczyniło się do ukształtowania nowego typu społeczeństwa. Dawało ono bowiem wolność osobistą i prawo do dziedzicznego użytkowania nieruchomości; wprowadzało świadczenia pieniężne, przestawiając gospodarkę na system bardziej nowoczesny; przyznawało samorząd terytorialny, będący podstawą do formowania się stanów i zdobycia samodzielności politycznej różnych grup społecznych. Czy zatem krzyżakom należy przypisać rolę wielkich cywilizatorów ziem pruskich ? Byli oni z pewnością organizatorem kolonizacji. Natomiast jej bohaterami byli osadnicy, chłopi i mieszczanie, którzy karczowali lasy i osuszali bagna, budowali miasta i kościoły, stawiali mosty i młyny, uprawiali ziemię i hodowali bydło.

Oblicza się, że w początkach XV wieku Prusy właściwe wraz z Ziemią Chełmińską miały około 350 tysięcy mieszkańców, w tym blisko 50% ludności niemieckiej. Ludność Pomorza Gdańskiego liczyła w tym czasie około 130 tysięcy osób, w tym około 30 tysięcy Niemców, głównie w miastach; resztę stanowili Polacy. Ludność pruska wynosiła około 120-140 tysięcy osób — w Prusach właściwych stanowiła ludność pruska blisko połowę ogółu mieszkańców. Dopiero u progu czasów nowożytnych Prusowie stracili odrębność etniczną i zmieszali się z ludnością niemiecką, tworząc nową społeczność pruską. W XIII-XV stuleciach większość Prusów tworzyła dolne warstwy społeczne. Warstwą rządzącą natomiast byli Niemcy: stanowili większość rycerstwa średniego i zamożnego, duchowieństwa; z nich składał się cały patrycjat miejski i cała korporacja zakonna krzyżaków. Językiem urzędowym był język niemiecki.

Szybki rozwój gospodarczy kraju w wieku XIV przyniósł samym krzyżakom, jako władcom Prus, znaczne korzyści ekonomiczne, głównie finansowe. Do kasy zakonu bowiem płynęły opłaty od ludności rycerskiej, opłaty z miast i świadczenia ludności chłopskiej. Rozwój gospodarczy i demograficzny kraju wzmacniał również potencjał militarny zakonu. Dochody zakonu — także z własnej gospodarki — pozwalały na wielkie inwestycje — budowę kościołów i szpitali, ale przede wszystkim zamków, pozwalały na utrzymanie wojska zaciężnego i goszczenie krzyżowców z Europy zachodniej.

Jest rzeczą interesującą, że krzyżacy, owi mnisi-rycerze, prowadzili własne gospodarstwa wzorowo. Zakon był wielkim posiadaczem ziemskim. Miał własne folwarki, gdzie uprawiano zboża, hodowano konie i bydło, zajmowano się rybołówstwem. Nie gardzili krzyżacy handlem. Eksportowali na zachód zboże, drewno, futra, wosk, miód, smołę i bursztyn, którego wydobycie było monopolem państwowym. Do Prus zaś dowozili krzyżacy sukno różnych gatunków, wina, korzenie, broń, czasem sól i śledzie. I nie były to tylko przypadkowe transakcje handlowe, lecz planowa i systematyczna działalność. Sprawami handlowymi zajmowali się dwaj specjalni urzędnicy, wybrani spośród braci zakonnych: wielki szafarz z Malborka i wielki szafarz z Królewca. Obaj dysponowali siecią agentów handlowych i pośredników we wszystkich większych miastach Europy. Wielki handel krzyżaków sięgał od Rusi Halickiej po Flandrię i Anglię, ale obejmował też bliższe kraje. Transakcje handlowe dokonywali krzyżacy również w Wielkopolsce, na Mazowszu, Litwie i w miastach własnego państwa. Rozwijający się w XIV wieku handel własny przynosił im duże korzyści finansowe. Był jednak konkurencją dla miast pruskich i jedną z przyczyn późniejszego konfliktu między zakonem a jego pruskimi poddanymi.

Rolnictwo i hodowla, handel — to część tylko, choć najważniejsza, gospodarki zakonu. Krzyżacy bowiem posiadali nadto młyny i browary, huty żelaza i szkła, kuźnie i garbarnie, smolarnie, cegielnie i inne warsztaty rzemieślnicze, związane z wielkimi inwestycjami budowlanymi. Wszystkie te przedsięwzięcia gospodarcze zakonu przynosiły krzyżakom nie tylko stały, znaczny dochód. Rozwijały również rynek wewnętrzny i wiązały z zakonem setki ludzi, zatrudnionych w krzyżackich gospodarstwach, warsztatach i handlu.

Dużą wagę przywiązywali krzyżacy do sprawnej organizacji wojskowej w państwie. Podstawą siły militarnej zakonu była ciężkozbrojna jazda złożona z rycerzy zakonnych i braci służebnych. Te wyborowe, dobrze wyszkolone oddziały wojskowe stanowiły wprawdzie dużą siłę militarną, nie wystarczały jednak państwu, którego zadaniem była walka. Dlatego krzyżacy wciągnęli do służby wojskowej wszystkich mieszkańców swego państwa. Przede wszystkim było do niej zobowiązane miejscowe rycerstwo, najczęściej niemieckiego pochodzenia. Zależnie od wielkości posiadanego majątku rycerz służył konno w lekkiej lub ciężkiej zbroi. Oddziały rycerskie zbierały się pod kierownictwem chorążego na każde wezwanie komtura. On również — albo jeden z rycerzy zakonnych — sprawował dowództwo.

Obok rycerzy do służby wojskowej zobowiązani byli wolni Prusowie. Ta grupa wolnych właścicieli kilkułanowych gospodarstw została przez krzyżaków wyodrębniona spośród ludności pruskiej specjalnie dla służby wojskowej w oddziałach zakonu. Wolni Prusowie stawali do walki w lekkiej zbroi. Zobowiązani byli do pomocy przy budowie i naprawie zamków.

Natomiast chłopi w razie potrzeby musieli dostarczać armii krzyżackiej wozów i żywności. Pomagali przy pracach fortyfikacyjnych, budowie i naprawie zamków. Wreszcie do służby wojskowej w państwie krzyżackim zobowiązana była ludność miejska. Miała ona przede wszystkim obowiązek obrony własnych miast, najczęściej ufortyfikowanych, otoczonych fosą i ceglanym murem z basztami. Miasta te stanowiły ważny element w systemie obronnym państwa krzyżackiego. Mieszczanie musieli też dostarczać kontyngentów wojskowych dla armii zakonu. Była to zwykle ciężkozbrojna konnica i piechota z wozami. Od końca XIV wieku — w związku z nasileniem akcji militarnych — krzyżacy coraz częściej używali wojsk zaciężnych, werbowanych głównie w Niemczech, Czechach i na Śląsku. Mogli sobie na to pozwolić dzięki dużym zasobom finansowym. Zaciężni byli żołnierzami zawodowymi, fachowcami w rzemiośle wojennym. Ich udział w wojskach krzyżackich oznaczał przejście zakonu na bardziej nowoczesny system organizacji armii. Dawał też zakonowi przewagę militarną nad sąsiadami.

Przez cały wiek XIV aż do roku 1410 wśród wojsk obcych, walczących w szeregach zakonu, dużą rolę odgrywali również tak zwani goście. Byli to rycerze z Europy zachodniej, którzy przybywali do Prus, by uczestniczyć w wyprawach (rejzach) przeciw pogańskiej Litwie i pomagać krzyżakom innych walkach, na przykład z Polską. Owe wyprawy do Prus były wśród rycerstwa europejskiego wieku XIV modne. Uważano wówczas powszechnie, że udział w rejzie pruskiej jest nieodzowny w biografii prawdziwego rycerza. Sławę rycerską można było uzyskać w Hiszpanii, w walce z Maurami, na Bałkanach walcząc z Turkami, albo w Prusach i Inflantach, biorąc udział w wyprawach krzyżackich.

Dla rycerzy Francji, Anglii, Burgundii, Holandii, Niemiec i innych krajów zachodniej Europy wyprawy pruskie były okazją do poznania obcych krajów, nawiązania przyjaznych kontaktów z innymi rycerzami. Tutaj zdobywano doświadczenia wojenne, a przede wszystkim sławę krzyżowca — szlachetnego rycerza, walczącego w obronie religii chrześcijańskiej. W praktyce wielu rycerzy nęciły też zapewne bogate łupy wojenne, które można było zdobyć na Litwie, czy w Polsce. Niejednego rycerza mogły one uchronić przed deklasacją.

Siła wojsk krzyżackich polegała nie tylko na dobrej organizacji służby żołnierskiej, pomocy militarnej rycerstwa chrześcijańskiej Europy, ważnej szczególnie w okresie podboju Prus, ale także na dyscyplinie, wyszkoleniu i umiejętnościach bojowych braci zakonnych. Zakon dysponował własną flotą wojenną, dobrze zorganizowanym wywiadem i służbą łączności. Krzyżacy chętnie stosowali różne nowości techniki wojennej — kusze, artylerię polową, a w XV wieku wozy bojowe na wzór husycki.

Wprowadzenie silnej władzy centralnej, sprawnie działającej administracji, starania o rozwój gospodarczy kraju, troska wreszcie władz zakonnych o dobrą organizację wojskową i silną armię — wszystko to sprawiło, że państwo zakonne w Prusach stało się ważnym czynnikiem politycznym w Europie środkowej w XIV i XV stuleciu.

Również terytorium państwa zakonnego powiększyło się w ciągu XIV i na początku XV wieku znacznie o ważne gospodarczo i strategicznie ziemie. W roku 1308 krzyżacy zajęli Gdańsk. W roku następnym podbili całe Pomorze Gdańskie — kraj żyzny i bogaty, gęsto zaludniony. Później rozszerzone zostały północno-wschodnie terytoria władztwa krzyżackiego. W roku 1346 zakon kupił od króla duńskiego Waldemara IV północną Estonię. W Inflantach krzyżacy, w uporczywej walce z arcybiskupem ryskim i głównym ośrodkiem handlowym — Rygą, zdobyli zdecydowanie przewagę polityczną. Dążyli do zajęcia wszystkich biskupstw inflanckich — łącznie z arcybiskupstwem ryskim — poprzez inkorporację kapituł do zakonu krzyżackiego.

Rysunek pieczęci komtura toruńskiego z XV w.

U schyłku wieku XIV krzyżacy zajęli Gotlandię, ważny punkt strategiczny i handlowy na Morzu Bałtyckim. Doprowadziło to do konfliktu krzyżaków z państwami skandynawskimi, zjednoczonymi unią kalmarską (1397), który przerodził się w wojnę. Ostatecznie krzyżacy zostali zmuszeni do opuszczenia Gotlandii w roku 1409. Zakon korzystając ze swych zasobów pieniężnych zdołał w roku 1402 kupić Nową Marchię od ciągle zadłużonego Zygmunta Luksemburskiego, króla Węgier i margrabiego Brandenburgii. Był to obszar leżący na pograniczu wielkopolsko-pomorskim, zdobyty i skolonizowany przez margrabiów brandenburskich w XIII wieku, stanowiący rodzaj korytarza z Niemiec na wschód i północ. Teraz połączył ziemie państwa krzyżackiego z krajami niemieckimi. Zarząd nad nim objął bezpośrednio wielki mistrz i on mianował wójta Nowej Marchii, który rezydował na zamku w Świdwinie. Nowa Marchia nie została wcielona do Prus — była krajem odrębnym, wchodzącym w skład Rzeszy.

Udało się również krzyżakom zawładnąć — przynajmniej czasowo — dalszymi obszarami polskimi, głównie dzięki zasobom pieniężnym zakonu. Od księcia piastowskiego Władysława Opolczyka dostali w zastaw opanowaną siłą Ziemię Dobrzyńską (1392), zaś od książąt mazowieckich otrzymali krzyżacy w czasowy zastaw ziemie Wizneńską (1382—1401) i Zawkrzańską (1384—1399). Ważniejszą jednak zdobyczą zakonu był podbój — w ciągu długotrwałych walk z Litwinami — części zachodnich ziem litewskich. Przejściowo opanowali krzyżacy Żmudź (w latach 1398-1401 i 1404-1409) — ważny strategicznie obszar, łączący ziemie zakonu w Prusach i Inflantach. Nie ulega wątpliwości, że organizacja państwa krzyżackiego, rozkwit gospodarczy kraju w wieku XIV, sprawność wojska i dyplomacji krzyżackiej zasługują na uznanie. Murowane z cegły zamki i piękne kościoły gotyckie w państwie zakonnym, bogate miasta opasane murami, mosty i dobre drogi, przystanie rzeczne i porty — wszystko to budziło podziw ludzi późnego średniowiecza. Dziś jeszcze imponuje i zasługuje na pochwałę historyków. Kto jednak był rzeczywistym twórcą owego rozkwitu cywilizacyjnego i dobrobytu materialnego państwa zakonnego w Prusach? Czy wszystko to przypisać należy energii, przedsiębiorczości, talentom około 1000 rycerzy zakonnych? Z pewnością — nie. Państwo zakonne w Prusach było dziełem wszystkich mieszkańców kraju; ich umiejętności, energia i praca właściwie kierowane przez korporację zakonną krzyżaków jako władców — przyniosły tak imponujące rezultaty.